出口退税政策的落实效果与出口退税管理息息相关，新机制的运行能否达到帕雷托改进，有赖于退税管理部门的配合。退税管理包括考核指标、日常管理和涉税资料的鉴别等方面。
1．财政部门与税务部门涉税考核指标的矛盾对企业的影响
税务部门与财政部门的考核指标不一致，影响了出口退税的进度。税务部门把收入任务与退税任务分开考核，而财政部门考核税务部门收入任务完成情况时，把退税从税收收入中剔除，只以实际入库的资金作为对税务部门的考核基础，简单地把出口退税看作税收收入的抵减项，忽视了出口退税对当地经济的促进作用。考核指标的矛盾在一定程度上影响了出口退税款的落实，占压了部分企业的资金。
2．部分税务部门对企业的日常监管和服务不够
税务部门不仅承担出口退税的审批工作，还具有出口退税企业的日常监管和辅导责任。部分税务部门对出口企业缺乏日常监管和服务，对新政策宣传和辅导不及时，导致某些企业因为不熟悉新政策而超期申报，无法享受到出口退税政策。
3．运费发票、保险单据的真实性无法核实
以离岸价作为出口货物退（免）税的计算依据，以其它方式成交的，还要扣除运费和保险费。但是，税务部门对企业提交的运费和保费发票的真实性无法核实，造成计算依据的不准确。
三、完善出口退税新机制和出口退税管理的对策
（一）缓解新机制对出口企业负效应的政策建议
针对新机制运行给企业带来的负效应，我们提出以下建议：
1．加强对出口企业的辅导
首先，对出口企业负责人、办税员和业务员进行出口退税政策和业务培训，及时宣传新政策。引导出口企业的领导重视和理解出口退税业务，加强财务部门与业务部门的配合。对于选择中介机构代理报关的企业，尽量选择信誉较好、单证回收速度较快的报关行。
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